Kancelář transferu technologií vydává aktualizované směrnice týkající se hlavních činností kanceláře.
První směrnice byly zpracovány v návaznost na založení útvaru, tedy v letech 2013 a 2014. Nová směrnice resp. Opatření rektora o nakládání s duševním vlastnictvím a o ochraně důvěrných informací na JU (R 493), vydaná 13.1.2022, byla potřebná s ohledem na vývoj oborové legislativy a také z důvodu již získaných zkušeností v průběhu let fungování naší kanceláře v rámci Jihočeské univerzity, zakomponování nových částí jako je protivlivový zákon, rozvedení částí týkající se autorskoprávní ochrany a zakládání společností start up a spin off.
15.12.2021 bylo vydáno inovované Opatření rektora o zřízení a činnosti Rady komercializace na JU (R 483), kde došlo k rozšíření kompetencí členů Rady pro komercializaci a rozšíření kompetencí i s ohledem k zakládání společností.
26.1.2022 bylo vydáno Optaření rektora, kterým se vydávají Pravidla pro zakládání spin-off společností na JU (R 494). V tomto případě jde o zcela novou směrnici, která vznikla na základě potřeby míti tuto problematiku ošetřenou.